Столкнулся с проблемой после обновления системы Ubuntu 12.04, а так же Ubuntu 14.04 и Ubuntu 16.04:

root@Ubuntu:/# update-grub
Generating grub configuration file ...
Найден фон: /home/metall/Изображения/grub/about_1600px.png
Предупреждение: Setting GRUB_TIMEOUT to a non-zero value when GRUB_HIDDEN_TIMEOUT is set is no longer supported.
Found background image: /home/metall/Изображения/grub/about_1600px.png
Найден образ linux: /boot/vmlinuz-3.13.0-24-generic
Найден образ initrd: /boot/initrd.img-3.13.0-24-generic
Найден Windows 7 (loader) на /dev/sda1
завершено
root@Ubuntu:/#

При генерации grub.cfg появляется сообщение о том, что GRUB_HIDDEN_TIMEOUT больше не поддерживается:

Предупреждение: Setting GRUB_TIMEOUT to a non-zero value when GRUB_HIDDEN_TIMEOUT is set is no longer supported.

Как выяснилось в установщике Ubuntu имеется баг [1] исправить ситуацию легко, просто закоментируем эту опцию в файле /etc/default/grub:

#GRUB_HIDDEN_TIMEOUT=0

И обновим конфигурацию grub:

root@Ubuntu:/# update-grub
Generating grub configuration file ...
Найден фон: /home/metall/Изображения/grub/about_1600px.png
Found background image: /home/metall/Изображения/grub/about_1600px.png
Найден образ linux: /boot/vmlinuz-3.13.0-24-generic
Найден образ initrd: /boot/initrd.img-3.13.0-24-generic
Найден Windows 7 (loader) на /dev/sda1
завершено
root@Ubuntu:/#

Как видим проблема ушла. Кстати, если установить конфиг из пакета, то эта опция там закоментирована:

dpkg-reconfigure grub-pc

Ссылки по теме:

  1. Warning: Setting GRUB_TIMEOUT to a non-zero value when GRUB_HIDDEN_TIMEOUT is set is no longer supported.